自建站开始，生态站根据国家林业局科技司的部署和要求，在持续进行常规定位观测的同时，以秦岭林区主要森林类型华山松、油松、锐齿栎林等为对象，从事了以下研究：

　　1. 华山松林研究

　　　　①华山松林水源涵养功能及水量平衡研究

　　　　②华山松林生物量和生产力测定与分析

　　　　③华山松针叶及其营养元素含量动态研究

　　　　④华山松群落结构、动态及能量特征研究

　　　　⑤华山松林木个体生长与分化研究

　　2. 油松林（包括人工林）研究

　　　　①油松林水源涵养功能及水量平衡研究

　　　　②油松生物生产量的测定及其与生态因素的相关分析

　　　　③油松林生物循环及营养元素含量动态研究

　　　　④油松林的群落类型及结构特征研究

　　3．锐齿栎林研究

　　　　①锐齿栎林水源涵养功能及水量平衡研究

　　　　②锐齿栎林营养元素的时空分布及概算

　　　　③锐齿栎生物量的测定与分析

　　　　④锐齿栎林群落类型和结构特征研究

　　　　⑤锐齿栎林水分动态及产流规律研究

　　　　⑥锐齿栎林生态系统的地球化学循环及其对水质的影响

　　　　⑦人文活动对锐齿栎林水文功能的影响

　　　　⑧锐齿栎林木个体生长分析

　　　　⑨锐齿栎林叶面积与叶干重的研究

　　4．太白红杉林研究

　　　　①秦岭太白红杉林群落学特征及其类型划分研究

　　　　②秦岭太白红杉林结构组成研究

　　　　③秦岭太白红杉林的分类与排序研究

　　5．华北落叶松林研究

　　　　①秦岭林区华北落叶松人工林对林地土壤的影响

　　　　②秦岭林区华北落叶松人工林生物量测定

　　6．秦岭巴山冷杉林的研究

　　　　秦岭巴山冷杉林的群落学特征及类型划分的研究

　　7．桦木林研究

　　　　桦木林的结构、类型及其稳定性研究

　　8．森林土壤研究

　　　　①火地塘林区不同林地土壤水分动态及土壤径流特征研究

　　　　②秦岭南坡锐齿栎林、松栎混交林林地土壤特性研究

　　　　③火地塘林区不同土壤类型化学性质研究

　　　　④火地塘林区锐齿栎林土壤酸化特征研究

　　　　⑤秦岭南坡青杄林、青杄－华山松－红桦混交林林地土壤特性研究

　　　　⑥火地塘林区主要森林生态系统林木根系与土壤相互作用机理研究

　　　　⑦火地塘林区主要树种根际微生态系统土壤性状研究

　　9．秦岭火地塘林区的植被类型划分及GIS在该区森林资源信息管理上的应用

2006年以来，根据我国生态环境建设、林业可持续发展的要求，针对陆地生态系统对全球变化响应等热点问题，监测研究内容主要包括：

　　1．森林生态系统的结构与动态：群落结构与特征，生物多样性及动态，干扰与恢复规律，景观结构及动态等；

　　2．主要森林类型的碳收支及对大气环境的影响：主要建群中碳收支规律、凋落物分解及动态、林地CO2释放动态规律，森林碳通量；

　　3．森林的理水功能及对水环境的影响：林区迳流规律及动态模拟，森林对水质的影响及机理；

　　4．森林生态系统对全球变化的响应；

　　5．森林生态系统的信息传递与逆境生理生态；

　　6．森林生态系统管理与可持续经营